Duttaphrynus phawngpui fue descrito a partir de ejemplares del Parque Nacional Phawngpui al norte de la India. Para establecer su identidad, los investigadores emplearon un enfoque taxonómico integrador que combinó morfología, morfometría multivariada y secuencias del gen mitocondrial 16S.
Los análisis recuperaron la población como un linaje diferenciado dentro del grupo de especies Duttaphrynus stuarti. La especie conocida hasta ahora únicamente de su localidad tipo vive en ambientes montañosos situados por encima de los 2.000 metros.
