Los ecosistemas microbianos están representados por una agrupación de seres vivos microbianos, esdecir, sistemas compuestos de organismos microbianos interdependientes que comparten un mismo hábitat. Entre ellos destacan:
Las microbiotas: que están conformadas por un conjunto de microorganismos que se localizan de manera normal en distintos sitios del cuerpo de los seres vivos pluricelulares, como por ejemplo en el ser humano.
Las biopelículas o biofilms: que son ecosistemas microbianos organizados, conformados por uno o varios microorganismos asociados a una superficie viva o inerte, los cuales presentan características funcionales y estructuras complejas.